Les milieux aquatiques du bassin versant de la Sèvre Nantaise font l'objet d'actions de restauration et d'entretien. Celles-ci, mises en cohérence par l'Institution Interdépartementale du Bassin de la Sèvre Nantaise (IIBSN) et portées par les syndicats de rivière, contribuent à améliorer la qualité de l'eau.
Dès les années 80 et depuis la création de l'IIBSN, les actions de restauration des cours d'eau se sont structurées au sein de programmes pluriannuels sous maîtrise d'ouvrages des syndicats de rivière. Il s'agissait avant tout de travaux de restauration et d'entretien de la ripisylve sur les cours d'eau principaux du bassin.
Le Contrat de Restauration et d'Entretien (CRE) Sèvre Nantaise rivières vivantes « 2001-2005 » a renforcé ces actions. Coordonné par l'IIBSN et liant l'Agence de l'Eau, les syndicats de rivière, la région Pays de la Loire et les 4 départements du bassin, le CRE a permis aux collectivités du bassin et plus particulièrement aux syndicats de rivières et à l'IIBSN de mettre en œuvre des actions dans le cadre d'un programme quinquennal, en ayant une garantie de soutien financier et technique de la part des différents signataires du contrat. Des travaux sur près de 650 km de cours d'eau, dont tous les cours principaux ont été menés. Les travaux ont avant tout visé l'amélioration de l'état de la ripisylve et du lit : travaux forestiers, lutte contre les ragondins et la jussie, mais aussi la mise en place d'actions novatrices (gestion d'ouvrages hydrauliques, zones humides…)
Chaque partenaire financier a l'assurance de la mise en œuvre d'actions répondant aux exigences établies préalablement, lors de la définition du programme pluriannuel.
Afin de poursuivre cette dynamique de restauration des cours d'eau, une étude préalable portée par l'IIBSN a été lancée en 2006. Un état des lieux précis des rivières principales et d'un certain nombre de ruisseaux identifiés comme prioritaires a été réalisé (soit au total près de 1000 km de cours d'eau étudiés). Il a mis en évidence les niveaux d'altération des milieux aquatiques et les mesures à entreprendre. Dans le cadre de cette étude, de nombreuses réunions de concertation ont eu lieu, à l'échelle du bassin versant, comme à l'échelle locale.
Cette étude a abouti à la signature de nouveaux Contrats de Restauration et d'Entretien le 24 octobre 2008. Liant l'Agence de l'Eau Loire-Bretagne, l'IIBSN, les sept syndicats de rivière du bassin versant et la Communauté d'Agglomération du Choletais, ils affichent des ambitions fortes en matière de reconquête de l'état écologique des cours d'eau.



Ces programmes représentent un montant total sur le bassin versant de 10 450 00 € TTC sur 5 ans. L'agence de l'Eau participe en moyenne à hauteur de 40 %.
Les contrats ont été complétés en 2010 par un avenant intégrant une année complémentaire d'actions en 2013.
Les actions programmées sont les suivantes :
Ces actions représentent une part importante du volet milieux aquatiques de la mise en œuvre du SAGE.