Les 4 FDGDON (Fédération Départementale des Groupements de Défense contre les Organismes Nuisibles) du bassin versant assurent notamment les missions de contrôle des populations des rongeurs aquatiques nuisibles.
La Commission Locale de l'Eau du SAGE Sèvre Nantaise a eu la volonté de développer la lutte par le piégeage et d’abandonner progressivement les moyens chimiques. L’objectif est l’amélioration de la qualité de l’eau et la protection des milieux aquatiques. Cette décision d’abandon de la lutte chimique a anticipé la réglementation qui vise l’interdiction totale de l’utilisation de la voie chimique à partir de 2006.
Il apparaissait par ailleurs important d’engager une démarche globale sur le bassin versant de la Sèvre Nantaise, pour plus d’efficacité.

Un document d’objectif cadre donc les principes d’intervention sur le bassin de la Sèvre nantaise et une convention de partenariat lie les 4 FDGDON, les 7 syndicats de rivière et l’IIBSN. Un dispositif de suivi a par ailleurs été mis en place depuis 2002.