Macrophytes : Plantes aquatiques de grande taille.
Masses d’eau : Une partie discrète et homogène des eaux de surface ou des eaux souterraines telles qu'un aquifère, un lac, un réservoir, une portion de fleuve, de rivière ou de canal, un estuaire ou une portion d'eaux côtières. (Définition Directive 2000/60/CE du 23/10/2000)
Matières en suspension : Particules solides en suspension dans l'eau brute. Les MATIERES EN SUSPENSION incluent toutes les particules de taille supérieure aux colloides présents dans l'eau.
Matières organiques et oxydables : Désigne les matières organiques (ensemble des substances d'origine biologique) et autres substances oxydables contenues dans un effluent ou un biotope aquatique pollué.
Métaux lourds : Les métaux lourds possèdent un numéro atomique élevé. Les plus courants et plus dangereux sont le mercure, le plomb, le cadmium, le chrome, le cuivre, le zinc. Ceux-ci s'accumulent dans les organismes vivants, et peuvent ainsi contaminer l'ensemble d'une chaîne alimentaire. Les effets toxiques des métaux lourds concernent le système nerveux, le sang ou la moelle osseuse. Ils sont généralement cancérigènes.
Micropolluants : Polluant présent généralement en faible concentration dans un milieu donné (de l'ordre du microgramme (µg) au milligramme (mg) par litre ou par kilogramme) et qui peut avoir un impact notable sur les usages et les écosystèmes.
Milieu physique : Terme général peu précis scientifiquement, utilisé pour désigner un ensemble présentant des conditions de vie particulières : milieu aquatique, milieu fluvial, milieu estuarien, milieu lacustre, milieu terrestre (forestier, montagnard,...),...
MISE : Mission Inter-Services de l’Eau : Structure de coordination des services de l'Etat (Direction Départementale des Affaires Sanitaires et Sociales - DDASS, Direction Départementale de l'Agriculture et de la Forêt - DDAF, Direction Départementale de l'Equipement - DDE, ...) qui vise à améliorer la lisibilité, l'efficacité et la cohérence de l'action administrative principalement de l'exercice de la police de l'eau en matière de gestion de l'eau et des milieux aquatiques.
Module : Module ou module interannuel d'un cours d'eau. Débit moyen annuel pluriannuel en un point d'un cours d'eau. Il est évalué par la moyenne des débits moyens annuels sur une période d'observations suffisamment longue pour être représentative des débits mesurés ou reconstitués.