Tout le bassin versant est concerné par des arrêtés préfectoraux pesticides. Les préfectures des quatre départements du bassin versant ont publié ces dernières années des réglementations interdisant certaines pratiques très nuisibles à la ressource en eau, à la santé et à l'environnement, qui s'ajoutent à la réglementation européenne et nationale en vigueur.
Exemples de pratiques interdites (Illustrations issues de l'arrêté préfectoral de Vendée du 17 mars 2010 relatif à l'interdiction de l'application des produits phytopharmaceutiques à proximité des milieux aquatiques)